Międzygminny Kompleks Unieszkodliwiania Odpadów Komunalnych Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w Bydgoszczy została zawiązana 7 listopada 2007 roku przez Prezydenta Miasta Bydgoszczy na podstawie uchwały nr XX/257/07 Rady Miasta Bydgoszczy z dnia 24 października 2007 roku.
Spółka powołana została jako samodzielny podmiot prawa handlowego w celu realizacji zadań gminy, a zakres działalności miał obejmować gospodarkę odpadami, ochronę środowiska i utrzymanie czystości oraz porządku w gminie.
Rozpoczęcie działalności miało miejsce 1 stycznia 2008 roku, w dniu przekazania Spółce przez Miasto Zakładu Unieszkodliwiania Odpadów przy ul. Prądocińskiej 28 (wtedy Kompleks Utylizacji Odpadów) w dzierżawę wraz z przejęciem dotychczasowych pracowników. W dniu 29 maja 2008 roku zmieniono akt założycielski, rozszerzając zakres działań i zwiększając kapitał zakładowy Spółki, który pokryło Miasto Bydgoszcz poprzez nieruchomości gruntowe zabudowane budynkami i budowlami oraz obiektami inżynierii lądowej i wodnej, a także środkami trwałymi, które w większości obejmowały użyczony uprzednio majątek należący do Kompleksu Utylizacji Odpadów. Dnia 26 sierpnia 2008 roku zmieniono nazwę firmy na Międzygminny Kompleks Unieszkodliwiania Odpadów ProNatura Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością. Od 2009 r. Spółka świadczy również usługi odbioru odpadów i sprzątania. W dniu 29 października 2009 roku Spółka podpisała umowę wykonawczą na realizację projektu pn. „Budowa Zakładu Termicznego Przekształcania Odpadów Komunalnych dla Bydgosko-Toruńskiego Obszaru Metropolitalnego” współfinansowanego przez Unię Europejską ze środków Funduszu Spójności w ramach Programu Infrastruktura i Środowisko. Projekt ma się zakończyć pod koniec 2015 roku. ZTPOK będzie nowoczesną instalacją, spełniającą kryteria najlepszej dostępnej techniki i technologii, bezpieczną dla ludzi i środowiska, odzyskującą energię cieplną i elektryczną, czyli tzw. zieloną energię.
